Di Universitas Alkhairaat terdapat 13 program sarjana, 1 program magister (dalam proses), dan 1 program profesi dengan berbagai pilihan disiplin ilmu di bidang pendidikan, perikanan, pertanian, sastra, hukum, manajemen, kewirausahaan, kedokteran, dan masih banyak lagi.
Program Studi Sarjana (S1)
Fakultas Agama Islam – Prodi Hukum Keluarga (Ahwalus Syakhsiyah) – Prodi Pendidikan Bahasa Arab – Prodi Pendidikan Islam – Prodi Ekonomi Islam
Fakultas Perikanan – Prodi Agrobisnis Perikanan
Fakultas Ekonomi – Prodi Manajemen – Prodi Kewirausahaan
Fakultas Pertanian – Prodi Agroteknologi – Prodi Teknologi Hasil Pertanian
Fakultas Sastra – Prodi Sastra Indonesia
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan – Prodi Pendidikan Bahasa & Sastra Indonesia – Prodi Pendidikan Matematika